การกำหนดนโยบายสุขภาพเป็นบทบาทสำคัญของกระทรวงสาธารณสุขในฐานะหน่วยงานหลักในการดูแลสุขภาพ แต่ในทางปฏิบัติ มีกระทรวงอื่นๆ ที่มีบทบาทในบางส่วนในการจัดบริการสุขภาพหรือการผลิตบุคลากรทางการแพทย์ และการเกิดขึ้นของหน่วยงานต่างๆ ตามกฎหมาย เช่น สปสช., สสส., สวรส., สช., สพฉ., สรพ. ซึ่งเป็นผู้เล่นสำคัญในระบบสุขภาพ แต่การดำเนินการไม่มีกลไกที่มีเอกภาพในการกำหนดและขับเคลื่อนนโยบาย ทำให้เกิดปัญหาในการบริหารงานเพื่อขับเคลื่อนนโยบายตลอดมา จำเป็นต้องสร้างกลไกอภิบาลระบบที่เป็นระบบคุณธรรม ไม่ยินยอมให้มีการทุจริตและการแทรกแซงจากอำนาจที่ไม่ถูกต้องชอบธรรม โดยมีกลไกการเฝ้าระวัง ตรวจสอบถ่วงดุลในรูปประชาคมสาธารณสุขที่เข้มแข็ง