เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2559 ที่ประชุมผู้ตรวจการแผ่นดิน ที่มีนายศรีราชา วงศารยางกูร ประธานผู้ตรวจการแผ่นดิน เป็นประธาน ได้พิจารณาคำร้องของเครือข่ายนักวิชาการซึ่งนำโดยนายจอน อึ๊งภากรณ์ ผู้อำนวยการโครงการอินเทอร์เน็ตเพื่อกฎหมายประชาชน (iLaw) ขอให้ส่งเรื่องไปยังศาลรัฐธรรมนูญ ให้วินิจฉัยว่า พ.ร.บ.ว่าด้วยการออกเสียงประชามติร่างรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2559 (พ.ร.บ.ประชามติ) มาตรา 61 วรรคสองและวรรคสี่ ละเมิดสิทธิเสรีภาพของประชาชนและขัดต่อรัฐธรรมนูญ จึงเป็นกฎหมายที่บังคับใช้ไม่ได้ (ดูคำร้องของนายจอนและคณะฉบับเต็ม)
ก่อนจะมีมติเป็น “เอกฉันท์” ให้ส่งเรื่องดังกล่าวให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัย พ.ร.บ.ประชามติ มาตรา 61 วรรคสอง เนื่องจากมีเนื้อหาไม่ชัดเจน คลุมเครือ อาจทำให้ประชาชนเกิดความสับสน จนไม่กล้าที่จะแสดงความคิดเห็นต่อเนื้อหาของร่างรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. …. ที่จะมีการลงประชามติในวันที่ 7 สิงหาคม 2559 และอาจมีการใช้เนื้อหาดังกล่าวไปดำเนินการกับประชาชนได้
ส่วนกรณีที่ขอให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัย พ.ร.บ.ประชามติ มาตรา 61 วรรคสี่ (เรื่องการกำหนดบทลงโทษให้จำคุกสูงสุด 10 ปี) ด้วย ที่ประชุมผู้ตรวจการแผ่นดินเห็นว่า เป็นดุลยพินิจของผู้ออกกฎหมาย ผู้ตรวจการแผ่นดินไม่ขอก้าวล่วง
สำหรับคณะผู้ตรวจการแผ่นดินมีจำนวนทั้งสิ้น 3 คน ประกอบด้วย 1. นายศรีราชา วงศารยางกูร 2. พล.อ. วิทวัส รชตะนันทน์ และ 3. นายบูรณ์ ฐาปนดุลย์
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า มติของคณะผู้ตรวจการแผ่นดินครั้งนี้ เป็นไปตาม พ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยผู้ตรวจการแผ่นดิน พ.ศ. 2552 มาตรา 14 (1) ทั้งนี้ หากศาลรัฐธรรมนูญรับคำร้องนี้ไว้พิจารณา และวินิจฉัยว่า พ.ร.บ.ประชามติ มาตรา 61 วรรคสอง มีเนื้อหาที่ขัดหรือแย้งกับรัฐธรรมนูญ จะทำให้บทบัญญัติไม่สามารถบังคับใช้ได้โดยทันที
(ความสับสนในการรณรงค์ประชามติ ไม่เพียงมาจาก พ.ร.บ.ประชามติ ยังรวมถึงท่าทีของผู้มีอำนาจในรัฐบาล คสช. และ กกต.)