หลังจากที่ประชุมคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการศึกษา (สกสค.) มีมติเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2555 สั่งย้ายนายสันติภาพ อินทรพัฒน์ ออกจากตำแหน่งผู้อำนวยการองค์การค้าของสกสค.พร้อมกับ “แต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนข้อเท็จจริง” กรณีนายสันติภาพอนุมัติขายที่ดินจังหวัดสุราษฏร์ธานีจำนวน 48 ไร่ ซึ่งเป็นทรัพย์สินขององค์การค้าฯ โดยที่ไม่มีอำนาจ และกรณีแต่งตั้งนางพรทิพย์ เขมรัตน์ ทำหน้าที่ผู้ประสานงานขายหนังสือเรียนให้กับรายการครอบครัวข่าว 3
ต่อมาในระหว่างที่ผลสอบของคณะกรรมการสอบสวนข้อเท็จจริงยังไม่ได้ข้อยุติ วันที่ 7 มิถุนายน 2555 นายสันติภาพ ยื่นใบลาออกต่อคณะกรรมการสกสค. เพื่อที่จะไปรับตำแหน่งประธานสหพันธ์มวยแห่งเอเชีย (เอ.เอ็ม.เอฟ.) สุดท้ายที่ประชุมบอร์ดสกสค. จึงมีมติอนุมติให้นายสันติภาพลาออก แต่ขอสงวนสิทธิการลงโทษ และเรียกร้องค่าเสียหายในภายหลังได้ หากพบว่ามีการกระทำผิด

ล่าสุดวันที่ 31 สิงหาคม 2557 นายสันติภาพ อินทรพัฒน์ อดีตผู้อำนวยการองค์การค้าของสกสค. ได้ชี้แจงกองบรรณาธิการ สำนักข่าวออนไลน์ไทยพับลิก้า ยืนยันว่า ตนไม่ได้ทำความเสียหายให้กับองค์การค้าฯ ทั้งกรณีการขายที่ดินองค์การค้าฯที่จังหวัดสุราษฎร์ธานีและกรณีแต่งตั้งผู้ประสานงานขายหนังสือเรียนให้ครอบครัวข่าว 3 โดยแนบมติคณะกรรมการสกสค. ครั้งที่ 4/2556 ลงวันที่ 18 เมษายน 2556ที่มีนางพนิตา กำภู ณ อยุธยา อดีตปลัดกระทรวงศึกษาธิการเป็นประธานฯมีมติให้สำนักงานสกสค.คืนเงินประกันให้กับนายสันติภาพจำนวน 500,000 บาท ช่วงที่ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการองค์การค้าฯ แต่คณะกรรมการ สกสค. ขอสงวนสิทธิ์ในการดำเนินคดีกับนายสันติภาพ หากในอนาคตตรวจสอบพบว่านายสันติภาพทำความเสียหายให้กับองค์การค้าฯ
นายสันติภาพได้นำความคิดเห็นของสำนักกฎหมายและคุ้มครองสิทธิครู ซึ่งเป็นเอกสารประกอบการพิจารณาของที่ประชุมคณะกรรมการสกสค. โดยเอกสารระบุว่า
1. กรณีการซื้อ-ขายที่ดินขององค์การค้าของสกสค.ที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี สำนักกฎหมายและคุ้มครองสิทธิครู มีความเห็นว่า “ถึงแม้นายสันติภาพไม่มีอำนาจในการอนุมัติให้องค์การค้าฯขายที่ดิน 48 ไร่ ต่อมาหลังจากที่นายสันติภาพลาออกไปแล้ว ปรากฏว่าคณะกรรมการของสกสค.มีมติให้ขายที่ดินแปลงนี้ องค์การค้าฯได้โอนกรรมสิทธิ์ที่ดินไปผู้ซื้อและได้รับเงินค่าที่ดินจนครบตามจำนวน กรณีนี้สำนักงานคณะกรรมการสกสค. ไม่ได้รับความเสียหาย หรือ ต้องมีภาระผูกพันใดๆ”
2. การขายหนังสือแบบเรียนให้ครอบครัวข่าว 3 มีความเห็นว่า กรณีนายสันติภาพ แต่งตั้งผู้ประสานการขายย้อนหลังเป็นการปฏิบัติที่ผิดจากหลักเกณฑ์ และประเพณีปฏิบัติขององค์การค้าฯ แต่จากการตรวจสอบข้อเท็จจริง พบว่า มีการแต่งตั้งผู้ประสานการขายถูกต้องตามขั้นตอน ทางองค์การค้าจึงต้องจ่ายค่าตอบแทนให้นางพรทิพย์ เขมรัตน์ ในฐานะผู้ประสานการขายตามข้อตกลง กรณีนี้จึงไม่ถือได้ว่าองค์การค้าฯได้รับความเสียหายจากการดำเนินการดังกล่าว
ทั้งนี้ ตามสัญญาจ้างนายสันติภาพข้อ 9 ระบุว่า “เมื่อมีการบอกเลิกสัญญาจ้าง หรือ สัญญาจ้างสิ้นสุด องค์การค้าฯในฐานะผู้ว่าจ้างสามารถเรียกร้องค่าเสียหายที่เกิดขึ้นจากการไม่ปฏิบัติตามหน้าที่ โดยไม่จำเป็นต้องแจ้งสงวนสิทธิไว้ก่อนแต่อย่างใด” ส่วนข้อ 10 ระบุว่า “ขณะทำสัญญานี้ผู้รับจ้างได้นำเงินสด 500,000 บาท มามาวางเป็นหลักประกันการปฏิบัติงานและในวรรค 2 ผู้ว่าจ้างจะคืนเงินให้ผู้รับจ้างเมื่อพ้นข้อผูกพันตามเงื่อนไขสัญญานี้ไปเป็นเวลา 1 ปี โดยไม่มีดอกเบี้ย
จากข้อเท็จจริงดังกล่าวแล้ว เมื่อไม่ปรากฏว่านายสันติภาพทำให้สำนักงานคณะกรรมการ สกสค. หรือองค์การค้าฯได้รับความเสียหาย หรือ ต้องมีภาระผูกพันใดๆ บอร์ดของสกสค.จึงมีมติคืนเงินประกัน 500,000 บาท ให้กับนายสันติภาพ อินทรพัฒน์ได้