แม้ว่าศาลชั้นต้นและศาลอุทธรณ์จะพิจารณาให้ยกฟ้องคดีที่นายศุภชัย หล่อโลหการ โจทก์ ฟ้องนายวิลเลียม วิน แอลลิส จำเลย ซึ่งในขณะที่ฟ้องนายศุภชัยเป็นผู้อำนวยการ สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (สนช.) ปัจจุบันเป็นที่ปรึกษา สนช. แต่นายศุภชัยได้ฎีกา โดยวันที่ 4 พฤศจิกายน 2556 ศาลฎีกาไม่รับฎีกาและสั่งจำหน่ายคดี และนัดอ่านคำพิพากษาเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2557
คดีดังกล่าว นายศุภชัย หล่อโลหการ โจทก์ ฟ้องนายวิลเลียม วิน แอลลิส จำเลย โดยโจทก์ฟ้องว่าได้ว่าจ้างนายวิลเลียมเป็นผู้ประสานงานและติดต่อกับต่างประเทศ เมื่อ 30 ธันวาคม 2548 ต่อมาวันที่ 30 กันยายน 2552 นายวิลเลียมให้ข่าวแก่หนังสือพิมพ์ไทยรัฐและมติชนว่าตนคัดลอกผลงานและนำผลงานของสำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติไปใช้ประโยชน์ส่วนตน ด้วยการใช้ประกอบดุษฎีนิพนธ์ของตนเสนอต่อจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และตนเบียดบังเวลาราชการไปเรียนระดับปริญญาเอก ซึ่งล้วนไม่เป็นความจริง เพราะดุษฎีนิพนธ์เป็นผลงานของตน ที่ได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการสอบวิทยานิพนธ์ จนตนสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกในหลักสูตรสาขาวิชาเทคโนโลยีการเกษตร
นอกจากนี้นายศุภชัยเคยเป็นโจกท์ฟ้องนายวิลเลียมในคดีหมิ่นประมาท แล้วถอนฟ้อง เนื่องจากจำเลยยินยอมที่จะไม่ใส่ความโจทก์อีก แต่หลังจากนั้นนายวิลเลียมยังคงใส่ความด้วยการร้องเรียนตนต่อหน่วยงานรัฐต่างๆ และให้ข่าวหนังสือมพิมพ์ต่อไป การกระทำของนายวิลเลียม ทำให้ตนเสียชื่อเสียง ถูกดูหมิ่น ถูกเกลียดชังและเหยียดหยามจากผู้อื่น จนได้รับความเสียหายคิดเป็นเงิน 300,000 บาท และขอให้บังคับจำเลยชำระเงินพร้อมดอกเบี้ยร้อยละ 7.5 ต่อปีนับแต่วันฟ้องจนกว่านายวิลเลียมจะชำระเสร็จ และห้ามนายวิลเลียมให้ข่าวเกี่ยวกับดุษฎีนิพนธ์ของตนแก่สื่อมวลชนและผู้อื่นอีกต่อไป
ส่วนนายวิลเลียม จำเลยให้การว่าตนไม่เคยให้ข่าวแก่หนังสือพิมพ์ ไม่มีข้อความใดในหนังสือพิมพ์ที่ใส่ความนายศุภชัยให้ต้องเสียหาย ส่วนแรกของดุษฎีนิพนธ์ของโจทก์คัดลอกมาจากรายงานและบทความที่ตนกับพวกร่วมกันจัดทำ ส่วนที่สองนายศุภชัยนำเอาผลการศึกษาทดลองที่สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติว่าจ้างผู้อื่นศึกษาทดลองไปใช้ประกอบดุษฎีนิพนธ์ของโจทก์ ส่วนหลักสูตรที่นายศุภชัยเรียนจะต้องทดลองและวิจัยซึ่งต้องใช้การเรียนเต็มเวลา และนายศุภชัยไม่ได้รับอนุญาตจากผู้บังคับบัญชาให้เข้าเรียน แต่กลับใช้เวลาราชการไปเรียน ย่อมเป็นการเบียดบังเวลาราชการ อันเป็นการกระทำโดยไม่สุจริต
นอกจากนี้ ตนได้ร้องขอความเป็นธรรมเกี่ยวกับการกระทำของนายศุภชัยต่อหน่วยงานรัฐตั้งแต่ก่อนที่นายศุภชัยจะฟ้องตนใน แต่คดีอาญา แต่ไม่มีความคืบหน้า ทำให้ตนต้องร้องเรียนเพื่อเร่งรัดการสอบสวน
ศาลชั้นต้นพิพากษาว่าจำเลย (นายวิลเลียม) มีความชอบธรรมที่จะตรวจสอบเพื่อป้องกันส่วนได้ส่วนเสียเกี่ยวกับตนและผลประโยชน์ของชาติ จึงไม่เป็นละเมิด ค่าเสียหายสูงเกินจริง ขอให้ยกฟ้อง
ต่อมาโจทก์ (นายศุภชัย) อุทธรณ์ ซึ่งศาลอุทธรณ์พิพากษายืน ให้โจทก์นายศุภชัยใช้ค่าทนายความ 4,000 บาท แทนจำเลย
ส่วนศาลฎีกาตรวจสำนวนที่นายศุภชัยฎีกาว่าจำเลยเป็นผู้ให้ข่าวแก่หนังสือพิมพ์ไทยรัฐ ซึ่งเป็นการหมิ่นประมาทใส่ความโจทก์ให้ได้รับความเสียหายนั้น เห็นว่าเป็นฎีกาในปัญหาข้อเท็จจริงซึ่งศาลล่างทั้งสองได้วินิจฉัยข้อเท็จจริงดังกล่าวไว้ชอบด้วยเหตุผลแล้ว และไม่มีเหตุที่จะเปลี่ยนแปลงคำวินิจฉัยของศาลล่างทั้งสอง ฎีกาของโจทก์จึงไม่เป็นสาระอันควรแก่การพิจารณา ศาลฎีกาไม่รับคดีไว้พิจารณา จึงมีคำสั่งให้จำหน่ายคดี
อย่างไรก็ตาม แม้ว่าสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้มีมติเพิกถอนปริญญาเอกของนายศุภชัย หล่อโลหการ ไปตั้งแต่วันที่ 21 มิถุนายน 2555 แต่นายศุภชัยนั่งอยู่ในเก้าอี้ดังกล่าวจนหมดวาระไปเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2557 และปัจจุบันได้รับการแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษา สนช. โดยมีนายพยุงศักดิ์ รักษาการผู้อำนวยการ สนช. แทน