เมื่อช่วงกลางเดือนกันยายน 2558 มีข่าวกรณีนายวิลเลี่ยม วิน เอลลิส นักวิชาการด้านเกษตร ถูกกักตัวห้ามเข้ามาประเทศไทย โดยสำนักงานตรวจคนเข้าเมือง(ตม.) เนื่องจากเป็นบุคคลอันตราย ทั้งนี้มาจากการยื่นหนังสือของสำนักงานนวตกรรมแห่งชาติ(สนช.) โดยนายศุภชัย หล่อโลหการ ในฐานะผู้อำนวยการ สำนักงานนวตกรรมแห่งชาติในขณะนั้น แต่อย่างไรก็ตามหลังที่ถูกกักตัว ทางสำนักงานนวตกรรมแห่งชาติ โดยนายพันธุ์อาจ ชัยรัตน์ ผู้อำนวยการ สนช.ได้ทำหนังสือขอถอนเรื่องดังกล่าว และนายวิลเลี่ยม วิน เอลลิสได้รับการปล่อยตัวในที่สุด
ทั้งนี้กรณีนายวิลเลี่ยม วิน เอลลิสและนายศุภชัย ต่างเป็นคู่กรณีที่มีคดีฟ้องร้องกันหลายคดี เนื่องจากนายวิลเลี่ยม วิน แอลลิส ได้ร้องเรียนจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ว่านายศุภชัยลอกเลียนงานวิจัยและร้องให้เพิกถอนปริญญาดุษฎีบัณฑิตนายศุภชัยและมีการเพิกถอนในที่สุด
อย่างไรก็ตามในช่วง 5 ปีที่ผ่านมามีหลายคดีที่มีการฟ้องร้องกัน แต่มีคดีที่นายวิลเลี่ยม วิน เอลลิส เป็นโจกท์ฟ้องคดีอาญานายศุภชัยว่าปลอมแปลงเอกสารสัญญาว่าจ้าง ทั้งศาลชั้นต้นและศาลอุทธรณ์ได้มีคำพิพากษาว่าจำเลยคือนายศุภชัยได้ปลอมแปลงเอกสารจริง ได้ตัดสินลงโทษจำคุก 6 เดือนและปรับ 6,000 บาท แต่การจำคุกให้รอลงอาญา
ต่อมานายศุภชัยได้ฎีกาคัดค้านคำพิพากษาศาลอุทธรณ์ ล่าสุดศาลฎีกามีคำพิพากษาเมื่อวันที่ 21 เมษายน 2558 และมีการประกาศคำพิพากษาอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 18 กันยายน 2558 ที่ผ่านมา พิพากษายืน ศาลฎีกาเห็นพ้องคำพิพากษาศาลอุทธรณ์และการฎีกาของนายศุภชัย ในฐานะจำเลยร้อง ฟังไม่ขึ้น
ทั้งนี้เนื่องจากการปลอมแปลงเอกสารสัญญาการว่าจ้างนายวิลเลี่ยม วิน เอลเลส นั้นเป็นการแก้ไขสัญญา โดยที่นายวิลเลี่ยม วิน เอลลิส ในฐานะคู่สัญญาไม่ทราบ ซึ่งการแก้ไขสัญญาว่าจ้างดังกล่าวนั้น เป็นการดำเนินการเพื่อนำไปเป็นหลักฐานในการอ้างอิงในคดีที่นายศุภชัยฟ้องนายวิลเลี่ยม วิน เอลลิส เพื่อพิสูจน์ว่าตน(นายศุภชัย)เป็นคนเขียนงานวิจัยจริง โดยมีการแก้ไขระยะเวลาในการว่าจ้างและจำนวนเงินค่าจ้าง เพื่อชี้ว่านายวิลเลี่ยมเป็นเพียงแค่ที่ปรึกษาไม่ใช่ผู้เขียนงานวิจัย จากการใช้หลักฐานดังกล่าวมาประกอบการฟ้องคดี เมื่อนายวิลเลียม วิน เอลลิสตรวจสอบเอกสารและพบว่ามีการแก้ไขเอกสารสัญญา จึงได้ฟ้องกลับว่ามีการปลอมแปลงเอกสาร และชนะคดีในที่สุด ตามประกาศคำพิพากษาเมื่อวันที่ 18 กันยายน 2558 ที่ผ่านมา