อุทกภัยครั้งใหญ่ในปีที่ผ่านมา ได้ก่อให้เกิดความเสียหายต่อชีวิตและทรัพย์สินเป็นจำนวนมหาศาล หลังจากเหตุการณ์ผ่านไปไม่นาน ได้มีการวิเคราะห์ถึงสาเหตุสำคัญที่ทำให้อุทกภัยครั้งนี้สร้างความเสียหายสูงสุดเป็นประวัติการณ์ นอกเหนือจากปัจจัยธรรมชาติที่ไม่สามารถควมคุมได้แล้ว การบริหารจัดการน้ำ และการรับมือแก้ไขปัญหาอุทกภัยของฝ่ายต่างๆ โดยเฉพาะหน่วยงานภาครัฐ ถูกมองว่าเป็นอีกปัจจัยหนึ่งที่สำคัญ ซึ่งควรแก้ไขอย่างเร่งด่วนเพื่อไม่ให้ประวัติศาสตร์ซ้ำรอย
คณะกรรมการยุทธศาสตร์เพื่อวางระบบบริหารจัดการน้ำ (กยน.) ในฐานะคณะกรรมการที่ตั้งขึ้นหลังเหตุการณ์อุทกภัย เพื่อวางระบบบริหารจัดการน้ำของประเทศในระยะยาว ได้วิเคราะห์ปัญหาที่เกิดขึ้นจากการป้องกันและบรรเทาอุทกภัย พ.ศ. 2554 ในการประชุมของคณะกรรมการว่า
การแก้ปัญหาน้ำท่วมที่ผ่านมา ได้แสดงให้เห็นถึงการขาดเอกภาพในการบริหารจัดการน้ำอย่างชัดเจน โดยมีปัจจัยสำคัญที่ทำให้การป้องกันและแก้ไขปัญหาขาดประสิทธิภาพ คือ การที่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องแต่ละหน่วยขาดการบูรณาการร่วมกันทั้งในด้านข้อมูลและการปฏิบัติ ไม่มีศูนย์กลางบัญชาการและประสานงาน การมุ่งปฏิบัติตามภารกิจของตนมากกว่าดำเนินงานเพื่อบรรลุเป้าหมายร่วมกัน และการสื่อสารที่มีปัญหาระหว่างเจ้าหน้าที่ด้วยกันเองและระหว่างเจ้าหน้าที่กับประชาชน
ที่ผ่านมา หน่วยงานของรัฐที่มีภารกิจเกี่ยวข้องกับน้ำจะแยกกันบริหารจัดการตามภารกิจของตน ไม่ได้ดำเนินการในลักษณะองค์รวม คือ
การบริหารจัดการน้ำเพื่อการเกษตร อยู่ในความรับผิดชอบของกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
การบริหารจัดการน้ำเพื่อการคมนาคม อยู่ในความรับผิดชอบของกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม
การบริหารจัดการน้ำเพื่อการสงวน รักษา ฟื้นฟู ใช้ประโยชน์และแบ่งปันน้ำในฐานะที่เป็นทรัพยากรธรรมชาติ อยู่ในความรับผิดชอบของกรมทรัพยากรน้ำ กรมทรัพยากรน้ำบาดาล กรมส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม องค์การจัดการน้ำเสีย ซึ่งเป็นรัฐวิสาหกิจสังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
การบริหารจัดการน้ำเพื่อการอุปโภค บริโภคและอุตสาหกรรม อยู่ในความรับผิดชอบของการประปานครหลวงและการประปาส่วนภูมิภาค รัฐวิสาหกิจสังกัดกระทรวงมหาดไทย และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
การบริหารจัดการน้ำเพื่อการพลังงาน อยู่ในความรับผิดชอบของการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย รัฐวิสาหกิจสังกัดกระทรวงพลังงาน
และการบริหารจัดการน้ำในฐานะที่เป็นสาธารณะภัย อยู่ในความรับผิดชอบของกรมป้องกันและบรรเทาสาธารณะภัย กระทรวงมหาดไทย ผู้ว่าราชการจังหวัด นายอำเภอ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
ดังนั้น การแก้ไขปัญหาดังกล่าวจึงจำเป็นต้องให้หน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้องกับการบริหารจัดการน้ำทั้งหมด บูรณาการข้อมูลและทำงานร่วมกันภายใต้การบังคับบัญชาขององค์กรที่มีอำนาจเต็มเกี่ยวกับการบริหารจัดการน้ำเพียงองค์กรเดียว แต่การจัดตั้งองค์กรดังกล่าว จำเป็นต้องอาศัยอำนาจของกฎหมายระดับพระราชบัญญัติ ซึ่งการจัดทำร่างพระราชบัญญัติจัดตั้งองค์กรดังกล่าว ต้องใช้เวลาศึกษาและต้องมีการเห็นชอบจากรัฐสภาก่อน และใช้เวลานานพอสมควร
ในขณะที่มีความเป็นไปได้สูง ที่ประเทศไทยอาจต้องเผชิญกับภาวะฝนตกอย่างต่อเนื่อง โดยไม่มีการทิ้งช่วงในฤดูฝนที่คาดว่าจะเริ่มขึ้นในเดือน พฤษภาคม 2555 หรืออีกประมาณ 5 เดือนข้างหน้า ดังนั้น ระหว่างที่มีการจัดทำร่างพระราชบัญญัติจัดตั้งองค์กรบริหารจัดการน้ำ กยน. จึงได้เสนอให้คณะรัฐมนตรี จัดตั้งองค์กรชั่วคราว ด้วยการออกระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารจัดการน้ำและอุทกภัยแห่งชาติขึ้นก่อน
หลักการสำคัญของระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารจัดการน้ำและอุทกภัยแห่งชาติ พ.ศ. 2555 คือ การจัดให้มีองค์กรหนึ่งเป็นผู้รับผิดชอบในฐานะศูนย์กลางหลักในการบริหารจัดการน้ำ และการเตรียมการป้องกันและแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวกับอุทกภัยทั้งระบบ เพื่อให้การกำหนดแนวทางการทำงาน การสั่งการ และการแก้ไขปัญหาเป็นไปอย่างรวดเร็ว มีความสอดคล้องในการอำนวยการและการบริหารจัดการ เพื่อให้หน่วยงานของรัฐทุกแห่งนำไปปฏิบัติในทุกพื้นที่เป็นไปในแนวทางเดียวกัน
และได้กำหนดให้มีการจัดตั้งคณะกรรมการ 3 ชุด ขึ้นมาทำหน้าที่ดังกล่าว ประกอบด้วย คณะกรรมการนโยบายน้ำและอุทกภัยแห่งชาติ (กนอช.) คณะกรรมการบริหารจัดการน้ำและอุทกภัย (กบอ.) และสำนักนโยบายและบริหารจัดการน้ำและอุทกภัยแห่งชาติ (สบอช.)
คณะกรรมการนโยบายน้ำและอุทกภัยแห่งชาติ (กนอช.) มีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน มีรัฐมนตรี ตัวแทนหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และผู้ทรงคุณวุฒิเป็นคณะกรรมการ โดยมี กยน. เป็นที่ปรึกษา กนอช. มีหน้าที่ในการกำหนดนโยบายการบริหารจัดการน้ำ จัดทำแผนปฏิบัติการ และเสนอแนะการปฏิบัติราชการและบริหารงบประมาณที่เกี่ยวข้อง
กบอ. มีรองนายกรัฐมนตรีหรือรัฐมนตรีเป็นประธาน และมีกรรมการอื่นที่นายกรัฐมนตรีแต่งตั้ง กบอ. มีอำนาจในการจัดทำแผนปฏิบัติการ การกำหนดวิธีการดำเนินการหน่วยงานของรัฐ อนุมัติแผนงานและสนับสนุนการปฏิบัติงาน อำนวยการกำกับดูแลและติดตามการปฏิบัติของหน่วยงานของรัฐ และสั่งการให้แก้ไขปัญหาให้หน่วยงานของรัฐปฏิบัติ
สบอช. มีผู้ซึ่งนายกรัฐมนตรีแต่งตั้งเป็นเลขาธิการ มีหน้าที่ในการบริหารแผนงานและกำกับ ติดตาม เร่งรัดการทำงานของหน่วยงานรัฐ และสนับสนุน กนอช. และ กบอ.
โดยคณะกรรมการทั้ง 3 ชุด มีหน่วยงานของรัฐเป็นผู้ดำเนินการตามแผนและตามระยะเวลาที่กำหนดจากทั้ง 3 หน่วยงาน โดยถือเป็นเรื่องที่คณะรัฐมนตรี (ครม.) กำหนด