แม้ว่าสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยมีการแต่งตั้งรองศาสตราจารย์นายแพทย์โศภณ นภาธร เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2554 ดำรงตำแหน่งคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2554
แต่ปรากฏว่ามีคดีฟ้องร้องต่อศาลปกครองกลาง กรณีการสรรหาคณบดีคณะแพทย์ศาสตร์ โดยมีผู้ฟ้องคือนางสาววัชรีภรณ์ นาคอรุณ กับพวกรวม 10 คน ฟ้องสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ผู้ถูกฟ้องที่ 1 กับพวกอีกสองคน เป็นผู้ถูกฟ้องที่ 2 คดีหมายเลขดำที่ ๑๗๒๑/๒๕๕๕
ทั้งนี้ ผู้ฟ้องคดีทั้งสิบระบุว่าการฟ้องครั้งนี้ไม่ได้มุ่งหวังที่จะทำให้เกิดความเสียหายใดๆ ต่อคณะแพทยศาสตร์และจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มิได้ต้องการทำร้ายบุคคลหรือกลุ่มบุคคลใดเป็นการเฉพาะ และมิได้มุ่งหวังผลแห่งประโยชน์ส่วนตนแต่อย่างใด ผู้ฟ้องคดีประสงค์จะให้เกิดบรรทัดฐานของการปฏิบัติตามกฎระเบียบและกติกาที่ถูกต้อง เป็นธรรม โปร่งใสและตรวจสอบได้ เพื่อให้จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นสถาบันทางวิชาการหลักที่สำคัญที่สุดแห่งหนึ่งของประเทศ เป็นเสาหลักที่เป็นแหล่งอ้างอิงและพึ่งพาได้ของแผ่นดินดังวิสัยทัศน์ของมหาวิทยาลัย
โดยผู้ฟ้องทั้งสิบระบุว่า ในกระบวนการสรรหาคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตามฟ้องครั้งนี้ ได้เกิดมีการกระทำที่ทำลายหลักการอันเป็นปัจจัยหลักของความสำเร็จก้าวหน้าขององค์กร ไม่ว่าจะเป็นการไม่เคารพกติกา ไม่เคารพมติเสียงส่วนใหญ่ของคณะกรรมการสรรหา การจงใจไม่ปฏิบัติหน้าที่ที่พึงปฏิบัติของตนเพื่อหวังผลประโยชน์ การปล่อยให้มีการลอกสไลด์ของผู้อื่นในการแสดงวิสัยทัศน์ การไม่รักษาความลับในที่ประชุม การใช้ข้อมูลที่บิดเบือนมากล่าวอ้างปลุกปั่นให้เกิดความเสียหาย ตลอดจนการไม่ให้คุณค่ากับเสียงของบุคลากรฝ่ายสนับสนุน อันแสดงชัดเจนถึงการไม่เคารพในเกียรติ ศักดิ์ศรี และคุณค่าของบุคลากรฝ่ายนั้นๆ ในองค์กร
แม้จะมีการสอบถามถึงความถูกต้องอย่างเป็นทางการทั้งจากผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 (สภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย) โดยทำหนังสือถึงนายกสภา หรือผู้ถูกฟ้องที่ 2 (กรรมการสรรหาชุดที่ 2) แต่ไม่เคยได้รับคำตอบหรือคำอธิบายใดๆ ยังคงมีการดำเนินการโดยผิดหลักการความถูกต้องต่อไป จนได้คณบดีคณะแพทยศาสตร์คนใหม่ตามความต้องการของกลุ่มบุคคลที่กล่าวข้างต้น
ผู้ฟ้องคดีทั้งสิบระบุว่า กระบวนการล้มล้างหลักการความถูกต้องในการสรรหาคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ในครั้งนี้ ก่อให้เกิดการแตกความสามัคคี แบ่งฝักแบ่งฝ่าย เนื่องจากบุคลากรบางส่วนในคณะแพทยศาสตร์ จุฬาฯ ถูกทำให้เข้าใจผิดด้วยข้อมูลเท็จ เกิดความระส่ำระสาย ขาดขวัญและกำลังใจในการปฏิบัติงานของบุคลากรจำนวนมากที่เชื่อในความถูกต้อง ยุติธรรม และอาจจะกระทบต่อพันธกิจหลักของคณะแพทยศาสตร์ จุฬาฯ คือการผลิตบัณฑิตแพทย์ และแพทย์เฉพาะทางที่มีความรู้คู่คุณธรรมเพื่อรับใช้สังคม จากความบิดเบือนที่ล้มล้างหลักการที่ถูกต้อง เป็นผลจากการกระทำของอาจารย์บางคนที่น่าจะเป็นแม่แบบให้ลูกศิษย์ หากแม่แบบบิดเบี้ยวแล้ว สังคมและประเทศชาติอาจจะเสียหาย
ทั้งนี้ หากยอมให้มีการกระทำที่ไม่ถูกต้อง ไม่เคารพกติกาในครั้งนี้ประสบความสำเร็จโดยไม่มีผู้คัดค้าน จะส่งผลให้เกิดการยอมรับในพฤติกรรมที่ไม่ถูกต้องดังกล่าว คือแม้จะไม่ถูกต้องแต่ได้ผลถูกใจ เกิดการบิดเบือนและหลงผิดในหลักธรรมาภิบาล อันอาจนำไปสู่ความเสียหายอย่างร้ายแรงที่สุดต่อคณะแพทยศาสตร์และจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้
อย่างไรก็ตาม ผู้ฟ้องคดีได้ระบุว่า การที่คณะกรรมการสรรหาชุดใหม่ตัดสิทธิ์ของบุคลากรสายสนับสนุนทั้งหมดและไม่นำมาพิจารณานั้น อธิการบดีจุฬาฯ (ศาสตราจารย์ นายแพทย์ภิรมย์ กมลรัตนกุล) กับพวกกระทำเพื่อสนับสนุนให้ รศ.นพ.โศภณ นภาธร ซึ่งใกล้ชิดสนิทสนมและเป็นบุคคลในใจของอธิการบดี ได้ดำรงตำแหน่งคณบดีแพทยศาสตร์ ซึ่งทั้งสองเคยทำงานร่วมกันในสมัยที่อธิบการบดีนั่งเป็นคณบดีแพทย์ในปี 2542-2550 และแต่งตั่งให้ นพ.โศภณเป็นผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงพยาบาลจุฬาฯ ในปี 2542-2546 และเป็นรองผู้อำนวยการโรงพยาบาลในปี 2546-2550
ต่อมา เมื่อ รศ.นพ.โศภณ ได้รับแต่งตั้งให้เป็นคณบดีแพทยศาสตร์แล้ว ได้ให้การสนับสนุนโดยเสนอชื่อให้อธิการบดีได้รับการคัดเลือกเป็นอธิการบดีจุฬาฯ อีกสมัยหนึ่ง ในคำฟ้องระบุว่าเป็นต่างตอบแทนซึ่งกันและกัน โดยฝ่ายหนึ่งสนับสนุนให้เป็นคณบดีแพทยศาสตร์ อีกฝ่ายก็สนับสนุนให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีต่ออีกหนึ่งสมัย ถือว่าไม่เป็นไปตามหลักจารีตประเพณีของจุฬาฯ เพราะเป็นสิ่งที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน ชาวจุฬาฯ ไม่เคยประพฤติปฏิบัติ เป็นการแหกกฏเกณฑ์ที่ยึดถือและสืบต่อกันมา ถือว่าเป็นการสร้างแบบแผนที่ไม่ดีงามและด่างพร้อยให้กับชาวจุฬาฯ ไปสู่ภาวะที่เลวร้าย และไม่เป็นการส่งเสริมระบบคุณธรรม ทำให้ชื่อเสียงของจุฬาฯ ด้อยค่าลงในสายตานักวิชาการทั้งภายในและภายนอก ที่ต้องมาเห็นระบอบอุปถัมภ์เกื้อกูลต่างตอบแทนกันและกันเช่นนี้ในจุฬาฯ
การสนับสนุนโดยมิชอบให้คนของตนมาเป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์ เพื่อให้การสนับสนุนต่างตอบแทนให้ตนกลับมาเป็นอธิการบดีอีกหนึ่งสมัย ถือเป็นการปกครองโดยระบบคณาธิปไตย คือ การปกครองเพื่อพวกพ้องของตนเท่านั้น
ผู้ฟ้องคดีทั้งสิบระบุว่า นอกจากนี้ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 (สภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย) ได้มีการกระทำที่ขัดต่อธรรมาภิบาลและทำนองคลองธรรม โดยลำดับเหตุการณ์ คือ
1. มีการชักจูงให้คณะกรรมาธิการสรรหาชุดแรกไปพบเลขาธิการสภากาชาดไทย ในวันที่ 18 พ.ค. 2554 โดยไม่เคยมีประเพณีแบบแผนมาก่อน และกล่าวอ้างชักจูงเลขาสภากาชาดและคณะกรรมการสรรหาว่า รศ.นพ.ประสงค์ ศิริวิริยะกุล (ผู้ได้รับการคัดเลือกจากคณะกรรมการสรรหาชุดแรก เพื่อเสนอชื่อให้สภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยรับรองเป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จุฬาฯ) เป็น Preclinic (อาจารย์แพทย์ที่สอนนิสิตแพทย์ในระดับปีที่ 1-3 เป็นหลัก มิได้ตรวจคนไข้เป็นหลัก) อาจไม่สันทัดงานโรงพยาบาล ทั้งนี้เพื่อให้เลขาธิการสภากาชาดให้เห็นชอบและจูงใจคณะกรรมการสรรหาชุดแรก มิให้เลือก รศ.นพ.ประสงค์เป็นคณบดีฯ
2. หลังมีการหย่อนบัตรลงคะแนนในวันที่ 12 พ.ค. 2554 อธิการบดีจุฬาฯ ได้แจ้งให้ผู้ที่ได้รับการสรรหาทั้ง 3 คนทราบในวันที่ 18 พ.ค. ว่า ต้องมาแสดงวิสัยทัศน์ในวันที่ 19 พ.ค. เพื่อกีดกันมิให้ผู้อื่นสามารถเตรียมตัวได้ทัน เว้นแต่ รศ.นพ.โศภณ เพราะอธิการบดีมอบสไลด์พรีเซนเทชั่นที่อธิการบดีได้จัดทำขึ้นเพื่อแสดงวิสัยทัศน์ของตนเองให้ รศ.นพ.โศภณ นำมาแสดงวิสัยทัศน์ในวันที่ 19 พ.ค. แต่ปรากฏว่า รศ.นพ.โศภณ ไม่สามารถตอบข้อซักถามของคณะกรรมการสรรหาได้ และแสดงให้เห็นว่ามิได้จัดทำสไลด์พรีเซนเทชั่นด้วยตนเอง คณะกรรมการสรรหาเสียงส่วนใหญ่จึงลงมติไม่เลือก รศ.นพ.โศภณ
3. หลังการแสดงวิสัยทัศน์ อธิการบดีจุฬาฯ ได้ชักจูงคณะกรรมการสรรหาว่า “เราคงไม่เลือกอาจารย์ธานินทร์นะ เพราะจากใบปลิวน่าจะมีมือไม่สะอาด” และ “อาจารย์ประสงค์ เป็น Preclinic คงบริหารโรงพยาบาลไม่ได้” ทั้งๆ ที่อธิการบดีจุฬาฯ ก็เป็น Preclinic ยังเคยเป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์ถึง 2 สมัย
เมื่อคณะกรรมการสรรหาเห็นว่า รศ.นพ.โศภณ แสดงวิสัยทัศน์โดยลอกข้อสอบ อธิการบดีก็อ้างว่า “อาจารย์โศภณได้คะแนนเสียงจากสายอาจารย์สูงสุด ทั้งๆ ที่ความจริงความถี่ของคะแนนไม่เป็นตัวตัดสิน และยังชักจูงให้คณะกรรมการสรรหาตัดเสียงสายสนับสนุนออก แต่ไม่สำเร็จ คณะกรรมการสรรหาเสียงส่วนใหญ่เลือก รศ.นพ.ประสงค์ ศิริวิริยะกุล
4. ในวันที่ 20 พ.ค. มีการประชุมของกลุ่มบุคคลที่ใกช้ชิดกับอธิการบดี และ รศ.นพ.โศภณ นำโดย รศ.นพ.จิรุตม์ ศรีรัตนบัลล์ ผู้ช่วยอธิการบดีจุฬาฯ สรุปผลการประชุมให้ทำหนังสือโจมตีคณะกรรมการสรรหาและ รศ.นพ.ประสงค์ พร้อมล่าลายเซ็น การที่ รศ.นพ.จิรุตม์จัดประชุมคัดค้านผลการสรรหานั้น เนื่องจากมีกรรมการบางคนได้นำผลการสรรหาซึ่งเป็นความลับ เพราะยังไม่ได้เสนอสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยรับรองมาเปิดเผยให้แก่ รศ.นพ.จิรุตม์ทราบโดยไม่ชอบด้วยระเบียบแบบแผนและจารีตอันดีงามของจุฬาฯ
นอกจากนี้ยังได้ส่งอีเมล์และจัดทำใบปลิวโดยบุคคลในข้อ 4 ซึ่งมีอาจารย์บางคนยืนยันว่าตนไม่ได้ลงชื่อในใบปลิวแต่มีชื่อปรากฏคัดค้านอยู่ด้วย และผู้ลงลายมือชื่อในกระดาษเปล่า
5. วันที่ 25 พ.ค.อธิการบดีเรียกประชุมคณะกรรมการสรรหาด่วน และได้หว่านล้อมชักจูงให้คณะกรรมการสรรหากลับมติ โดยอ้างว่ามีผู้เสนอใบปลิวต่อต้าน แต่คณะกรรมการสรรหาไม่ยอมกลับมติ อธิการบดีจึงเข้าพบนายกสภามหาวิทยาลัย อ้างว่า รศ.นพ.ประสงค์ไม่เหมาะสมที่จะเป็นคณบดี เนื่องจากเป็นแพทย์ทาง Preclinic
6. ในเอกสารสรุปผลการสรรหา ที่เสนอต่อสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในวันที่ 26 พค.2554 นั้น อธิการบดีแจ้งว่าได้มีมติในวันที่ 25 พ.ค. เลือก รศ.นพ.ประสงค์เป็นผู้สมควรได้รับการแต่งตั้งเป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์ ทั้งๆ ที่มีการลงมติตั้งแต่วันที่ 9 พ.ค. 2554 แล้ว แต่อธิการบดีไม่กรอกแบบฟอร์มสรุปคุณลักษณะอันพึงประสงค์ทั้ง 7 ประการของ รศ.นพ.ประสงค์ ทั้งๆ ที่เป็นเพียงการกรอกแบบฟอร์มที่อธิการบดีได้เขียนเป็นประจำอยู่แล้ว ทั้งนี้เพื่อให้สภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเลื่อนการรับรอง รศ.นพ.ประสงค์เป็นคณบดีแพทยศาสตร์ออกไปก่อน
7. ในการประชุมสภาจุฬาฯ มีกรรมการสภาคนหนึ่งขอให้พิสูจน์โดยเปิดเผยรายชื่อผู้คัดค้าน รศ.นพ.ประสงค์ แต่อธิการบดีไม่ยอมเปิดเผย กลับพูดเรื่องไม่มีคุณลักษณะอันพึงประสงค์ โดยให้เลื่อนวาระการรับรองออกไป
8. วันที่ 10 มิถุนายน 2554 คณะกรรมการสรรหา ได้มีมติไม่สมควรให้แสวงหาข้อมูลเพิ่มเติม หลังจากนั้นได้มีใบปลิวโจมตี ศ.นพ.สุรศักดิ์ ฐานีพานิชสกุล และศสาตราจารย์กิตติคุณ ดร.พีระศักดิ์ จันทร์ประทีป ว่าไม่เหมาะสมในการเป็นกรรมการสรรหา จนในวันที่ 30 มิถุนายน 2554 อธิการบดีก็ยังไม่ยอมเขียนสรุปคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จนในที่สุดคณะกรรมการสรรหาทั้ง 3 คนต้องมาเขียนข้อสรุปเอง
9. ในวันที่ 30 มิถุนายน 2554 มีการประชุมสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย วาระรับรองคณบดีคณะแพทยศาสตร์ กลับมีการกล่าวหา ศ.นพ.สุรศักดิ์ ฐานีพานิชสกุล ว่าขาดคุณสมบัติในการเป็นกรรมการสรรหา มีผลประโยชน์ทับซ้อนในข้อที่ไม่มีอยู่จริง และมีการลงมติตั้งคณะกรรมการสรรหาชุดใหม่ซ้อนคณะกรรมการสรรหาชุดแรก โดยมิได้ยกเลิกคณะกรรมการสรรหาชุดเดิม
10. คณะกรรมการสรรหาชุดใหม่มีมติให้หย่อนบัตรเสนอชื่อโดยคณาจารย์และสายสนับสนุนใหม่ และเมื่อมีการลงคะแนน คณะกรรมการสรรหาชุดใหม่ให้มีการเปิดหีบบัตรเพื่อนับคะแนนในวันรุ่งขึ้น (3 สิงหาคม 2554) แทนที่จะนับคะแนนในวันปิดหีบบัตร (วันที่ 2 สิงหาคม) ตลอดจนมีการแยกบัตรสายคณาจารย์และสายสนับสนุน ทำให้มีการรู้คะแนนในเบื้องต้นก่อนนับคะแนน และคณะกรรมการสรรหาชุดใหม่ที่มีอธิการบดีเป็นประธาน ได้มีมติให้ตัดคะแนนเสียงสายสนับสนุนออกทั้งหมด โดยไม่มีเกณฑ์หรือจารีตประเพณีให้กระทำได้ และได้ลงมติเลือก รศ.นพ.โศภณ นภาธร เป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์
ทั้งหมดนี้ ที่ผู้ฟ้องร้องระบุว่าเป็นการกระทำที่ขาดความโปร่งใส และไม่อาจสอบทานได้ของอธิการบดีจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ในการที่จะให้คนของตนเองเข้ามาเป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์โดยไม่คำนึงถึงกฎเกณฑ์ แบบแผน จารีต ประเพณี หรือมติของคณะกรรมการสรรหา อันถือได้ว่าเป็นการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายและไม่ถูกตามขั้นตอน ซึ่งปัจจุบันคดีนี้ยังอยู๋ในกระบวนการของศาลปกครองกลาง