ตามที่มีการนำเสนอข่าวการตรวจสอบการดำเนินงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) โดยคณะกรรมการติดตามและตรวจสอบการใช้จ่ายงบประมาณภาครัฐ (คตร.) ว่ามีการใช้เงินผิดวัตถุประสงค์ จากนั้นได้มีการแถลงข่าวของกองทุน สสส. ต่อมาอีก 4 วัน ผู้จัดการกองทุน สสส. ประกาศลาออก
ทั้งนี้การดำเนินการตรวจสอบสสส.เป็นผลมาจากสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน(สตง.) ได้ทำหนังสือรายงานการประเมินผลการใช้จ่ายเงินและทรัพย์สิน ปี 2557 กองทุนสสส. ถึงนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 3 กันยายน 2558 โดยรายงานระบุว่า การบริหารงานที่ผ่านมายังไม่บรรลุผลตามวัตถุประสงค์การจัดตั้งและเป้าหมายตามแผน มีความไม่โปร่งใสในการดำเนินงาน และขาดการรายงานและติดตามผลของโครงการที่ได้เงินสนับสนุน พร้อมระบุว่ามีกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการ สสส. และผู้ทรงคุณวุฒิเพื่อกลั่นกรองทางวิชาการ จัดตั้งมูลนิธิหลายแห่งและได้เงินอุดหนุนโครงการจากกองทุน สสส. และบางโครงการที่ได้รับเงินอุดหนุนมีผู้ที่เกี่ยวข้องกับการอนุมัติโครงการ ผู้ประสานงานโครงการ และเจ้าหน้าที่กองทุน สสส. ร่วมเดินทางไปศึกษาดูงานในต่างประเทศกับผู้ได้รับทุนตามโครงการ ทำให้มีข้อร้องเรียนหรือกล่าวหาในเรื่องผลประโยชน์ทับซ้อน
จากรายงานสตง.ได้ระบุถึงโครงการที่รับเงินอุดหนุนโดยไม่เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสสส.ได้รับเงินจากสสส.ไปกว่า 100 ล้านบาท อาทิ โครงการสวดมนต์ข้ามปี 33 ล้านบาท โครงการผู้นำเพื่อการเปลี่ยนแปลงเพื่อพัฒนาแรงงาน 17.7 ล้านบาท โครงการเพื่อการเปลี่ยนแปลงทางการศึกษา 16.3 ล้านบาท โครงการขับเคลื่อนงานด้านเด็กและเยาวชนแบบบูรณาการระดับจังหวัด : อุบลราชธานี 17.9 ล้านบาท เป็นต้น (ดูรายละเอียดทั้งหมด)
นอกจากนี้จากรายงานของสตง.ได้ระบุถึงรายชื่อกรรมการ ผู้ทรงคุณวุฒิที่เกี่ยวข้องกับมูลนิธิซึ่งเป็นผู้รับเงินสนับสนุนจากสสส.อาทิ นพ.วิชัย โชควิวัฒน นพ.สุวิทย์ วิบุลผลประเสริฐ(ที่ปรึกษาอดีตนพ.รัชตะ รัชตะนาวิน รมต.สาธารณสุข) นพ.ยงยุทธ วงศ์ภิรมย์ศานติ์ เป็นต้น ตั้งแต่ปี 2550-2557 รวมเป็นเงินกว่า 3,000 ล้านบาท ดังรายละเอียดดังนี้(ดูรายชื่อทั้งหมด) และ รายชื่อกรรมการสสส.ปี 2557,ปี 2555,ปี 2554,ปี 2553,ปี 2552,ปี 2551,ปี 2550(ขาดปี2556)และ ดูรายชื่อการหมุนเวียนของกรรมการในสสส.